Des formes de musicothérapie ont existé dans les temps anciens et se sont retrouvées par la suite dans la plupart des cultures. Un premier exemple au Canada du XIXe siècle fut décrit dans le rapport des commissaires de l'asile de Beauport, à Québec, en janvier 1849 : « Dans plusieurs cas, nous avons découvert que la musique et la danse étaient d'un grand secours comme agents curatifs. Dans un cas, elles remirent sur pied un patient qui était dans un état de profonde mélancolie et apportèrent à ses facultés mentales un stimulant qui résulta en une totale guérison. » Il s'agissait là de plus qu'une coïncidence, puisque dans son livre Hochelaga, or England in the New World (Londres 1846), Eliot Waburton écrivait en 1845 (p. 176) au sujet de la même maison de santé : « À quelques rares exceptions près, la musique semble leur causer un vif plaisir, les apaisant plutôt que les excitant. » On sait qu'en 1879, à Biddeford, Me, le Canadien Roch Lyonnais donna lecture d'une communication exposant la valeur thérapeutique de la musique. L'introduction de la musicothérapie comme telle au Canada est cependant reliée directement à son développement en Grande-Bretagne et aux États-Unis. Dès 1919, l'Université Columbia (New York) offrait des cours de musicothérapie et, en 1941, une National Foundation for Music Therapy était fondée aux É.-U. L'utilisation de la musique dans les programmes de réadaptation dans les hôpitaux militaires à la fin de la Deuxième Guerre mondiale déboucha sur la mise sur pied (1944) d'un programme d'études menant à un diplôme pour la formation de musicothérapeutes au Michigan State College (auj. University); en 1991, quelque 75 collèges amér. offraient des programmes diplômés. La National Assn for Music Therapy, dont le siège social était à l'origine à Lawrence, Kan., fut formée en 1950. En Angleterre, la British Society of Music Therapy, fondée en 1958 sous le nom de Society for Music Therapy and Remedial Music, collabora avec la GSM pour créer un programme de troisième cycle conduisant au L.G.S.M.T. (Licentiate, Guildhall School of Music Therapy). Au Canada, Alfred Rosé lança un des premiers projets pilotes (1952-61) à l'hôpital Westminster de London, Ont. Au début des années 1950, trois musicothérapeutes importants établirent des programmes : Norma Sharpe au Saint Thomas Psychiatric Hospital (Ont.); Fran Herman au Bloorview Hospital, Toronto; et Thérèse Pageau à l'Hôpital Saint-Jean-de-Dieu (auj. Hôpital Louis-Hippolyte-Lafontaine), à Montréal. D'autres programmes virent le jour au début des années 1960 à Weyburn, Sask. (sous la direction de Dorothy Twente Sommer).
En août 1974, une conférence mise sur pied au Saint Thomas Psychiatric Hospital par Norma Sharpe, assistée de six musicothérapeutes, mena à la fondation de l'Assn de musicothérapie du Canada, qui reçut sa charte en 1977 (elle adopta statuts et règlements ainsi qu'un code de déontologie). Ultérieurement, des sections provinciales furent créées. En 1979, les 17 premiers musicothérapeutes furent accrédités selon les formalités d'enregistrement mises au point par l'Association. En janvier 1991, le nombre de musicothérapeutes accrédités était passé à 78. En 1990, le nombre de membres de l'Association avait crû des 63 personnes présentes à la conférence de 1974 à 285. L'Association a eu pour présidents Norma Sharpe (1974-75), Thérèse Pageau (1976), Susan Munro (1977-80), Fran Herman (1981-82), Valerie Ivy (1983-85), Doreen Alexander (1986-88) et Paul Lauzon (1989), remplacé en 1990 par Cheryl Beggs. Fran Herman, Thérèse Pageau (décédée) et Norma Sharpe ont reçu le statut de membres à vie. En 1974, Norma Sharpe et Marjorie Burnett commencèrent à publier un bulletin intitulé Canadian Music Therapy Bulletin. En décembre 1975, le Bulletin de l'Association devint la première publication officielle du nouvel organisme. En 1991, il était devenu trimestriel. Sept numéros d'un journal professionnel ont également été publié de 1974 à 1981. Des conférences nationales ont eu lieu dans différentes villes canadiennes à partir de 1974, dont Montréal, Ottawa, Regina, Toronto, Vancouver et Waterloo. En 1979, Fran Herman eut l'idée de publier un compte rendu des conférences, une pratique qui a été reprise après chaque conférence par la suite.
Jusqu'au milieu des années 1970, la plupart des musicothérapeutes canadiens avaient reçu leur formation en Angleterre, à la GSM, ou encore aux États-Unis. Le premier programme de formation en musicothérapie au Canada fut créé au Capilano College, North Vancouver, en 1976, par Nancy McMaster et Carolyn Kenny. À l'origine un programme de deux ans menant à l'obtention d'un diplôme, il fut révisé en 1990 pour durer trois ans et mener au baccalauréat. D'autres programmes permettant d'obtenir un baccalauréat furent créés à l'UQAM en 1985 (sous la coordination de Connie Isenberg-Grzeda), à l'Université Wilfrid Laurier en 1986 (sous la direction de Rosemary Fischer) et à l'Université de Windsor en 1990 (sous la direction de Sammi Liebman). Tous ces programmes ont offert des cours en sciences humaines et du comportement, en anatomie et physiologie, en musique, en musique clinique, en improvisation et en musicothérapie, en plus d'une formation supervisée en milieu de travail. Afin de pouvoir obtenir l'accréditation de l'Association, le diplômé doit effectuer un internat clinique supervisé d'environ 1000 heures. Le comité d'accréditation examine ensuite la formation du candidat, son expérience clinique et ses qualités personnelles. Seuls les musicothérapeutes accrédités peuvent utiliser les initiales M.T.A. La formation doit refléter l'importance que revêt, pour l'Association, « le savoir musical du thérapeute et l'humanisme fondamental inhérent à la relation thérapeutique... [une relation] qui se crée au cours de l'expérience esthétique partagée par [le client et le thérapeute] » (Isenberg-Grzeda, « Music therapy : a Canadian viewpoint », p. 33).
En 1990, les musicothérapeutes canadiens travaillaient dans des écoles, des hôpitaux, des cliniques privées, des garderies, des centres de santé mentale, des maisons de soins, des unités de soins palliatifs et autres institutions. Dans la plupart de ces milieux, le thérapeute est partie intégrante d'une équipe multidisciplinaire qui effectue la planification, l'application et l'évaluation des traitements pour des maladies de nature émotionnelle, intellectuelle ou physique. Ils ont pu aider des gens souffrant d'une vaste gamme de maladies, dont le sida, l'asthme, l'autisme, la cécité, le cancer, la paralysie cérébrale, la surdité, la déprivation sensorielle, les blessures à la tête, les incapacités d'apprentissage, les déficiences intellectuelles, la sclérose en plaques, la maladie de Parkinson, l'alcoolisme, la toxicomanie, ainsi que les victimes de mauvais traitements physiques ou psychologiques. Les techniques varient autant que les maladies à traiter. La musicothérapie peut servir de traitement premier ou seconder d'autres formes de thérapie.
Bien que les services de musicothérapie ne soient pas couverts par les régimes d'assurance maladie gouvernementaux, un certain appui financier a été offert au niveau régional. Des fonds gouvernementaux ont également été attribués à partir de 1985 dans plusieurs municipalités ontariennes par le ministère des Communautés et Services sociaux par l'intermédiaire de leur programme « Special Needs At Home » pour le traitement des enfants et adolescents présentant « un retard de développement ».