Après avoir poursuit des études au Cégep Vanier, il joint son père, le saxophoniste de jazz Al-Hajj Sayyd Abdul Al-Khabyyr, dans l’orchestre de Duke Ellington en 1987. Il joue plus tard dans les grands orchestres montréalais de Denny Christianson, Andrew Homzy et Vic Vogel.

Il joue dans l’album de François Marcaurelle Opus 1.7 (1993) et se produit avec l’orchestre de Denny Christianson au Du Maurier Downtown Jazz Festival de Toronto en 1994. Il participe à titre de musicien à la double pochette de Ranee Lee, Dark Divas (2000), et fait une tournée avec elle pendant l’été de 2000. En 2003, il joue dans le groupe Swing Dynamique et, en 2004, il enregistre dans The Now Beyond, un album chez la maison de disques Effendi.

Muhammad Abdul Al-Khabyyr a également été professeur de cuivres à l’Université Concordia, à l’École de musique Schulich de l’Université McGill et aux cégeps de Sherbrooke et de Saint-Laurent. Il est le frère du percussionniste Nasyr Abdul Al-Khabyyr.