Harper est un représentant du ​mouvement autochtone des années 70. Il participe activement à la politique en tant que vice-président de l'Association des ​Métis et ​Indiens non-inscrits de l'​Ontario de 1972 à 1974. Avec son épouse Pauline Shirt Harper, il organise la Caravane du peuple autochtone, qui traverse le Canada et se termine par un long campement à ​Ottawa (1974-1975), et réussit à rassembler les organisations autochtones pour faire connaître leurs griefs. L'idéologie de cette manifestation comporte de forts éléments traditionalistes et spirituels qui réapparaissent dans la Wandering Spirit Survival School de ​Toronto, fondée par Pauline et Vern Harper en 1976. Il est l'auteur de Following the Red Path: The Native Peoples' Caravan, 1974 (1979).