Soliste avant tout, Gillis danse aussi avec des troupes comme Shango de Montréal en 1975, dans Garden of Earthly Delights de Martha Clarke en 1984 et à nouveau dans une production de Clarke, Vers la flamme, en 1999. À titre d'artiste invitée, elle participe aux tournées de Dracula des GRANDS BALLETS CANADIENS en 1985. Elle danse avec le BALLET NATIONAL DU CANADA en 1999. Elle monte souvent sur scène avec la Paul Taylor Dance Company, où son frère et partenaire occasionnel, Christopher Gillis, aujourd'hui décédé, est danseur étoile. Tout au long de sa carrière, elle invite de proches amis à créer des chorégraphies et à danser avec elle et répond à de semblables invitations. Ces spectacles sont nombreux et parfois marquants, comme en 1999 où elle se joint à l'étoile de la scène lyrique Jessye Norman dans des concerts dédiés au musicien de jazz Duke Ellington.
Le style chorégraphique simple et direct de Gillis se démarque par de grandes vagues d'émotions que, dans ses premières danses, elle transpose physiquement en plongeons et en culbutes de dauphin. Ses œuvres plus récentes sont beaucoup plus sombres, parfois même ténébreuses. Ses énormes costumes et ses longs cheveux châtains retombant sur les hanches sont ses marques de commerce. Mercy, présenté pour la première fois à la conférence Danse au Canada à Winnipeg en 1977, est un des moments exceptionnels de l'histoire de la danse canadienne à cause de la présence physique débridée et des mouvements de cheveux et de jupes de l'artiste.
Le personnage inimitable de Gillis est reconnu de Moncton jusqu'en Malaisie. En 1979, elle introduit la danse moderne en Chine, devenant ainsi la première artiste de la scène, professeure et conférencière du domaine depuis la Révolution culturelle. On la nomme ambassadrice culturelle du Canada en 1981 et ambassadrice de la culture québécoise en 1986. En 1991, elle monte sur scène à l'inauguration de la nouvelle ambassade canadienne à Tokyo.
En plus de danser dans des œuvres créées pour elles, Gillis chorégraphie au moins 100 pièces cathartiques pour elle-même, dont la plus importante, M Body, réunit huit femmes âgées de 13 à 72 ans, parmi lesquelles se trouvent la ballerine canadienne Anik BISSONNETTE et la danseuse contemporaine Laurence Lemieux ainsi que la New-Yorkaise Risa Steinberg, et souligne les 35 ans de scène de Gillis en 2009. L'année suivante, elle donne en première Thread/Filatures à Montréal et crée une autre nouvelle pièce à New York.
En plus de danser, elle poursuit une carrière internationale d'enseignement dont l'objet est sa méthode, qu'elle nomme « from the inside out », comme elle décrit son voyage émotif vers la scène.
Porte-parole de nombreuses œuvres de bienfaisance - pour les victimes du SIDA en particulier - Gillis est régulièrement invitée au Gala des étoiles. Elle travaille avec les orchestres symphoniques de Québec et de Montréal, se produit longtemps à New York à raison d'une semaine tous les deux ans et continue à monter sur scène et à enseigner dans le monde entier. Elle chorégraphie plusieurs solos pour le spectacle du CIRQUE DU SOLEIL et elle travaille régulièrement comme guide auprès d'élèves participant à Springboard Danse Montréal, un atelier international de lancement de carrière tenu annuellement à Montréal. Plusieurs téléfilms lui sont consacrés, dont L'univers de Margie Gillis (1985), Eye on Dance (1990), Body Emotions (1981), Wild Hearts in Strange Times (1997) et Margie Gillis Inside Out (1998). En 2007, elle effectue dans l'Ouest canadien la tournée A Stone's Poem, un spectacle salué par le public et les critiques.
Elle est nommée membre de l'ORDRE DU CANADA en 1988 et obtient, en 2008, le prix Walter Carsen pour l'ensemble de sa carrière dans les arts de la scène. La même année, elle devient Chevalière de l'ORDRE NATIONAL DU QUÉBEC, et le Stella Adler Studio de New York lui décerne son premier MAD Spirit Award pour les gestes humanitaires exceptionnels d'un artiste.