La baie Frobisher est une profonde échancrure de plus de 230 km de long, située à l'extrémité sud-est du littoral de ÎLE DE BAFFIN. Son embouchure est de 40 km de large, alors que la largeur de la baie rapetisse à 20 km vers la tête. La configuration de la baie crée un effet d'entonnoir et c'est pour cette raison que la marée, qui baigne deux fois par jour la ville d'IQALUIT située à la tête de la baie, possède une amplitude variant entre 7 et 11 m.

La géographie physique de l'ensemble de la baie est le résultat d'épisodes tectoniques associés à l'ouverture de l'Atlantique Nord au début de l'ère tertiaire: au cours de cette période, cette partie du bouclier précambrien dans la région de la baie Frobisher s'est affaissée alors que les blocs rocheux de chaque côté étaient soulevés et basculés vers le nord-est. Le contact très net entre ces terrains se traduit par de hautes falaises s'élevant de la baie qui, en raison du basculement, mesurent 330 m de haut sur la côte nord et deux fois cette hauteur sur la côte sud. Le surcreusement s'est produit durant l'époque pléistocène, quand le fossé tectonique de la baie Frobisher était occupé par un important glacier émissaire provenant d'un champ de glace centré sur le BASSIN FOXE.

La baie a été nommée ainsi en l'honneur de sir Martin FROBISHER, qui l'a découverte en 1576. Il croyait alors que la baie était un détroit et c'est ainsi qu'on l'identifie d'abord sur les cartes géographiques. La nature véritable de sa géographie physique ne sera connue qu'en 1861, lorsque l'Américain Charles Francis HALL explore la région.