La baie de Baffin, d'une superficie de 689 000 km2, est une masse d'eau profonde située entre le Groenland et l'île de Baffin. Sa profondeur est généralement inférieure à 1000 m, mais atteint 2400 m vers le milieu. La baie est reliée à l'océan Arctique, au nord, par les détroits de Nares, de Jones et de Lancaster et à la mer du Labrador, au sud, par le détroit de Davis. Elle a été découverte en 1616 par Robert Bylot, qui lui a donné le nom de son chef pilote, William Baffin.

Les courants y circulent généralement dans le sens inverse des aiguilles d'une montre. Au large du Groenland, ses eaux salées et relativement tempérées coulent vers le nord, tandis que, au large de l'île de Baffin, ses eaux froides et plus douces provenant de l'océan Arctique coulent vers le sud. Des icebergs, détachés des glaciers du Groenland, s'y trouvent toute l'année, mais en plus grand nombre en août. De novembre à juillet, elle est recouverte d'une vaste banquise. Dans le nord de la baie se trouve la plus grande polynie du Canada; cette étendue d'eau libre entourée de glaces constitue une zone d'hivernage pour les bélugas, les morses et les narvals. Au printemps, cette polynie, qui porte le nom des eaux du Nord, est une véritable oasis de production biologique, faisant vivre pendant la couvaison d'immenses populations d'oiseaux de mer, notamment des guillemots de Brünnich et des Mergules nains.

On y pratique la pêche depuis 1650, et, dès 1900, la pêche intensive par les Européens et les Américains y a décimé l'importante population de baleines. On y a très peu exploité les autres mammifères (phoques, morses) ainsi que le poisson (morue, flétan, aiglefin, hareng).